Существует несколько версий происхождения ойконима. По одной из них, это дохристианский антропоним (ср. имя половецкого князя Шарукан).
По другой версии говорится, что название села произошло от татарского слова шалкан, что в переводе означает «репа».
Местные жители предполагают, что название произошло из сочетания двух удмуртских слов – шар кадь ʻкак шарʼ. Первые дома поселенцев появились на дне большой домены в окружении высоких гор. Глядя с высоты на эти места, создается впечатление, что село находится внизу большого шара.
Впервые упоминается в переписи 1648 г. под названием Починок вновь росчисной Шаркан с пятью дворами. Изначально здесь поселились крестьяне из деревни Лонлез/Ломлэзь (1678 г.) из-за плодородной земли и множества ключей. Первопоселенцы происходили из воршудно-родовых групп Пурга и Дӧкья.
В 1838 г. Шаркан из деревни превратился в село, т.к. в том же году было завершено строительство Петропавловской церкви в селе [Атаманов 2015: 890; Ложкина 2005: 5-14].